Si la marque de base est annulée au cours des cinq premières années, tous les enregistrements ultérieurs peuvent être perdus. C'est à cela que nous avons fait référence précédemment et que l'on appelle une attaque centrale.
Si une attaque centrale est reçue, les extensions peuvent être transformées en marques locales dans certaines circonstances. La transformation des marques du protocole de Madrid en demandes locales augmentera les coûts. Des représentants locaux seront nécessaires pour chaque procédure locale.
L'immense majorité des pays suivent le système de classe de Nice pour la description des produits et services d'une marque. Certains pays n'autorisent pas les descriptions générales et exigeront que les produits ou services soient spécifiés.
Un exemple typique est ce qui se passe avec les marques de logiciels. La description d'un produit comme "logiciel" sera acceptée dans l'Union européenne et dans une majorité de pays. Toutefois, aux États-Unis ou au Canada, la nature du logiciel devra être précisée.
Des refus initiaux peuvent être reçus si la description des produits doit être limitée. Dans ce cas, la réponse devra être déposée par un avocat local spécialisé dans les marques. Bien que ces problèmes soient simples à surmonter, le fait de devoir faire appel à des agents locaux augmentera les coûts de la procédure.
Les avocats locaux seront systématiquement nécessaires si les marques font l'objet d'un refus initial. La réponse à de tels refus devra être faite par les agents de marques locaux. Dans ce cas, la recherche de représentants peut être difficile et augmentera les coûts initialement envisagés.
Les transferts de marques enregistrées par le système de Madrid sont restreints et ne peuvent se faire qu'entre ressortissants de pays membres du système.
De nombreux pays auxquels les marques du protocole de Madrid sont étendues ont des délais administratifs considérables. Certains pays disposent également d'une infrastructure informatique médiocre qui occasionnent des défaillances dans la communication des refus provisoires aux demandeurs de marques. Ces cas de mauvaise gestion sont souvent à l'origine de situations floues qui aboutissent à des litiges.
Les règles du système prévoient que si une marque n'est pas refusée dans un délai de 18 mois, elle sera automatiquement enregistrée par le système de Madrid. Toutefois, il se peut que l'office local des marques ne reconnaisse pas cette situation. Dans ce cas l'assistance d'un avocat local est nécessaire.